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【干貨分享】第九期：變異毒株頻繁入境，對(duì)目前防控有何影響？
繼新冠病毒的D614G變異、B.1.1.7突變株的出現(xiàn)后，在南非出現(xiàn)的B.1.351突變株再次引起廣泛關(guān)注。
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繼新冠病毒的D614G變異、B.1.1.7突變株的出現(xiàn)后，在南非出現(xiàn)的B.1.351突變株再次引起廣泛關(guān)注。從目前的研究結(jié)果來(lái)看，幾種突變株都具有提高病毒傳播能力、短時(shí)間內(nèi)迅速流行，并成為特定區(qū)域的主要流行株等特點(diǎn)。因此，對(duì)于新冠病毒的監(jiān)測(cè)依然非常重要，需要保持警惕。伯杰亦已第一時(shí)間啟動(dòng)針對(duì)新冠非洲突變株B.1.351突變檢測(cè)試劑盒的開(kāi)發(fā)工作，愿為您保駕護(hù)航。
B.1.351突變株簡(jiǎn)介
2020年8月,在南非東開(kāi)普省沿海一個(gè)疫情嚴(yán)重的地區(qū)——納爾遜·曼德拉灣，新型冠狀病毒2019-nCOV突變株B.1.351首次被檢測(cè)出。此后，該突變株迅速開(kāi)始在南非多地傳播，在數(shù)周內(nèi)成為東開(kāi)普省和西開(kāi)普省的主導(dǎo)譜系，到11月初，已成為南非的主要流行株。截至2021年1月5日，除南非外已有7個(gè)國(guó)家發(fā)現(xiàn)了該突變株。
2021年1月6日，廣東省疾控中心成功從一例境外輸入南非籍新冠肺炎病例的咽拭子中分離出B.1.351突變株。這是廣東省疾控中心繼1月2日在一名英國(guó)輸入病例中發(fā)現(xiàn)B.1.1.7突變株以來(lái)，再次發(fā)現(xiàn)并成功分離出新冠病毒突變株。
圖1：B.1.351系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)及其流行情況
突變位點(diǎn)及其生物學(xué)效應(yīng)
截止到2020年12月21日，除D614G突變位點(diǎn)外，B.1.351共有9個(gè)非同義突變位點(diǎn)（圖2），基本集中在S（Spike）基因上。其中，3個(gè)突變位點(diǎn)（N501Y、E484K和K417N）位于S蛋白受體結(jié)合結(jié)構(gòu)域（Receptor-Binding Domain，RBD），3個(gè)突變位點(diǎn)（L18F, D80A和D215G）位于N端結(jié)構(gòu)域，1個(gè)突變位點(diǎn) (A701V) 位于環(huán)狀區(qū)域（loop2），另外還有1個(gè)突變位點(diǎn)（R246I）和1個(gè)潛在缺失位點(diǎn)del242-244（文獻(xiàn)[1]測(cè)序結(jié)果為L(zhǎng)242H突變）。其中，突變位點(diǎn)D80A, D215G, E484K, N501Y 和A701V發(fā)現(xiàn)于2020年10月15日，L18F, R246I和K417N發(fā)現(xiàn)于11月下旬。
3個(gè)位于RBD上的突變位點(diǎn)具有潛在的生物學(xué)功能。
圖2：B.1.351突變位點(diǎn)統(tǒng)計(jì)
①N501Y：
N501通過(guò)與宿主受體hAEC2上的殘基Y41形成氫鍵，從而促進(jìn)病毒與hAEC2結(jié)合。該位點(diǎn)的突變提高了病毒與hAEC2的親和力（[2]；[3]），且已在小鼠模型上證明，該突變大大增加了RBD與hACE2的親和力，能使本來(lái)不感染小鼠的新冠病毒毒株變得能夠感染小鼠（[3]）。另外，N501Y在突變株B.1.1.7上也有出現(xiàn)。
②E484K：
E484通過(guò)與宿主受體hAEC2上的殘基K31相互做通，從而促進(jìn)病毒與hAEC2結(jié)合。該位點(diǎn)的突變可有限提高病毒與hAEC2的親和力（[4]）。有研究表明，E484K會(huì)在一定程度上增與hAEC2的強(qiáng)親和力，并且具有較強(qiáng)的免疫逃逸能力。E484K對(duì)抗原性的改變很大，其參與的免疫表位在免疫反應(yīng)中占據(jù)絕對(duì)優(yōu)勢(shì)。目前已發(fā)現(xiàn)E484K對(duì)C121、C144、2B04、2H04、1B07、REGN-10989/34等單克隆抗體都具有明顯的抵抗作用，但仍能被其他很多單克隆抗體如C135、REGN-10987/33（再生元最終確定的雞尾酒組合）等有效中和；重要的是，E484K也會(huì)對(duì)部分康復(fù)患者的多克隆血清表現(xiàn)出了一定的抵抗作用，存在逃逸疫苗的理論基礎(chǔ)（[1]）。另外，E484K目前在全球已上傳的序列中頻率很低，在南非以外地區(qū)不到0.02%，可作為B.1.351特異性靶標(biāo)之一。
③K417N：
K417是中和抗體（neutralizing antibodies，nAbs）的重要靶點(diǎn)，該突變可降低病毒與的親和力，從而有助于免疫逃避[1]。
新冠病毒的變異特點(diǎn)
從目前的有關(guān)新冠病毒變異的研究結(jié)果來(lái)看，不管是早期備受矚目的D614G突變，還是現(xiàn)在全球關(guān)注的B.1.17變異株和B.1.351變異株，都具有：1）提高病毒傳播能力；2）短時(shí)間內(nèi)迅速流行，并成為特定區(qū)域的主要流行株等特點(diǎn)。暫時(shí)沒(méi)有相關(guān)證據(jù)證明新冠變異株毒性增強(qiáng)，目前面市的新冠疫苗針對(duì)突變毒株也依然有效，這對(duì)于我們來(lái)說(shuō)無(wú)疑是一個(gè)利好消息。
但是這并不代表以后出現(xiàn)的新冠變異株依然具備類(lèi)似的特性，所以對(duì)于新冠病毒的監(jiān)測(cè)依然非常重要，我們需要保持警惕，做好日常的防護(hù)工作。
伯杰醫(yī)療一直在密切關(guān)注新冠病毒的動(dòng)向，并在第一時(shí)間開(kāi)展針對(duì)新冠非洲變異株B.1.351突變檢測(cè)試劑盒的開(kāi)發(fā)工作，期望幫助廣大客戶盡快實(shí)現(xiàn)對(duì)新冠非洲變異株B.1.351的常規(guī)監(jiān)測(cè)工作。另外，伯杰醫(yī)療已經(jīng)成功研發(fā)出新冠病毒D614G突變和英國(guó)變異株B.1.1.7突變檢測(cè)試劑盒，愿為您保駕護(hù)航。
參考文獻(xiàn)
[1] Houriiyah Tegally, et al.Emergence and rapid spread of a new severe acute respiratory syndrome-related coronavirus 2 (SARS-CoV-2) lineage with multiple spike mutations in South Africa. medRxiv, December 21, 2020.
[2] Gu et al. Adaptation of SARS-CoV-2 in BALB/c mice for testing vaccine efficacy, Science 369, 1603–1607 (2020).
[3] Starr et al. Deep Mutational Scanning of SARS-CoV-2 Receptor Binding Domain Reveals Constraints on Folding and ACE2 Binding , 2020, Cell 182, 1295–1310, September 3, 2020.
[4]Starr TN, Greaney AJ, Hilton SK, et al. Deep Mutational Scanning of SARS-CoV-2 Receptor Binding Domain Reveals Constraints on Folding and ACE2 Binding. Cell. 2020;182(5):1295–1310 e1220.
●第三期：分析PCR結(jié)果，還在使用自動(dòng)閾值線？
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